在人体肠道中生活着400-500种至今可以鉴别和确认的微生物，但仍有可能存在一些至今无法鉴别和确认的微生物。对人体有益的就是有益菌，对健康有害的便是有害菌。 一般情况下，体内有益菌的数量大大超过有害菌的数量，正是这些有益菌，维系着我们人体的健康

肠道益生菌有很多种类，每一种类有很多菌株，每一个菌株的功能性都有很大的不同。

肠道中最主要的微生物包括：拟杆菌属，双歧杆菌，真细菌属，消化链球菌属等。另外一些虽然不是最主要但也很重要的有：链球菌，乳酸杆菌，肠球菌，大肠杆菌等。肠道中的一些微生物，如果数量过多，会对人体有害，比如大肠杆菌，葡萄球菌，韦荣球菌，变形杆菌，假单胞菌等，会产生有害的代谢产物，比如铵类，硫化氢，胺类，苯酚类，吲哚类，二级胆酸等。这些有害物质或者直接对肠道粘膜造成伤害，或者吸收入血液后对人体造成伤害。

保持肠道内微生态平衡
大部分肠道微生物都是有益的，可以抑制有害菌的生长 。当出现一些情况时，比如接受抗生素治疗，饮食变化等，有益菌和有害菌的平衡关系可能被打乱，从而导致腹部痛疼或胃肠道不适。

产生各种酶
益生菌可产生水解酶、发酵酶等多种酶，帮助食物的消化和营养的吸收。

益生菌的抗污染作用
益生素能合成细菌素、有机酸、溶菌酶、过氧化氢等物质，有增强免疫功能和生物拮抗作用。如乳杆菌、双岐杆菌产生的挥发脂肪酸、乳酸和过氧化氢，能对大肠杆菌和沙门氏杆菌有杀灭作用。

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