女性非淋菌性尿道炎可与急性细菌性膀胱炎的症状相似，如排尿困难、尿频、尿急等。但是大多数感染者症状轻微或无症状。60%~80%的尿道沙眼衣原体感染者同时合并子宫颈感染，出现官颈炎、子宫内膜炎、盆腔炎；分泌物污染肛周可引起肛周炎、直肠炎。

  (l)子宫颈炎：大多数妇女感染的入侵部位为子宫颈管。70%~90%的妇女子宫颈沙眼衣原体感染无症状，可持续数月至数年。有症状发生时，可出现阴道分泌物异常，非月经期或性交后出血。体检大多数患者子宫颈外观可为正常，也可发现子宫颈接触性出血，子宫颈管黏液脓性分泌物，子宫颈红肿、异位。“拭子试验”阳性（即：当有衣原体和支原体侵犯子宫内膜时，用棉拭子插入官颈管后稍加转动，取出后肉眼可见拭子变为浅黄色或黄色，称拭子试验阳性）。

  (2)盆腔炎：衣原体子宫颈感染如不治疗，至少20%可上行感染至上生殖道。如行阴道冲洗则可增加上行感染的危险性。在有症状的PID中，沙眼衣原体感染占lO%-60%。有症状的衣原体性输卵管炎表现有下腹痛、性交痛等，长期持续的感染可致输卵管瘢痕形成、阻塞，引起输卵管性不育，异位妊娠和慢性盆腔痛。

  另外，过去认为是由淋球菌感染造成的肝周围炎（此病特点是右上腹急性疼痛，类似于胆结石发作），现在研究认为沙眼衣原体也是引起该病的常见病原体。

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