如果确定有问题，治疗部分就要依个别状况做决定，有一半的病人会自然痊愈，这类病人只需做后续追踪观察；有轻微心脏衰竭的幼儿，则必须用药物治疗；比较复杂的病人，就要采取开刀矫正。而有些心脏病可以用心导管治疗，身上不会有伤口，只有针孔，进行时将导管放入心脏适当的位置，把有问题的血管或心脏的破洞做栓塞。

  如果已经很严重，例如会发绀的婴儿，可能一出生就要先做第一阶段的手术，维持身体的循环，之后一段时间还要接受其他后续的手术。

  有些孩子可以等大一点再动手术，例如心室中隔缺损，因为在长大过程中有机会闭合，所以如果不太严重，可先给时间闭合，假如一直没有改善，等到大概满6个月到一岁，甚至可以等到再大一点（如心房中隔缺损病人），大约到2、3岁时如果还是没好，才会用心导管手术做矫正。是否要动手术，必须看个别状况以及严重性。

  大部分先天性心脏病都会自然痊愈，过正常人的生活，不过有些像是一心房一心室比较严重者，复原率很难到百分之百。

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